Natura działa w skali o wielkiej rozpiętości, od najmniejszego atomu do ogromnych ekosystemów. W permakulturze mówimy więc o Efekcie Skali, który dostrzegamy w wielu elementach natury. Odnosi się on do zrozumienia, że skala systemu wpływa na funkcjonowanie jego komponentów i ich wzajemne interakcje. Podkreśla, że strategie, techniki i projekty, które działają na małą skalę, mogą dawać inne rezultaty, gdy są wdrażane na większą skalę i odwrotnie. Obok Efektu Krawędzi, Efekt Skali jest kluczowym w projektowaniu permakulturowym, ale również w wielu dziedzinach życia, od ekologii, poprzez urbanistykę, po międzyludzkie relacje.
